این مرکز در سال ۱۳۴۰ه.ق. توسط مرحوم محمد ولی فرمانفرمائیان در راستای ارائه خدمات درمانی وقف شد.درسال ۱۳۵۴به عنوان مرکز بازپروری معتادین زیر نظر انجمن توانبخشی ایران شروع به کار کرد. در آن زمان این مرکز دارای دو بخش معتادین و روان پزشکی بوده و به بیماران رو به بهبود حرفه های مختلف آموزش داده می شد و در سال ۱۳۵۸ به عنوان بیمارستان عمومی زیر نظر سازمان منطقه ای بهداشت و درمان استان تهران ادامه کار داد.درسال های ۱۳۶۳ و ۱۳۶۴ به علت نیاز به مراقبت از مجروحین قطع نخاعی ، بخش های ویژه مجروحین و جانبازان جنگ تحمیلی افتتاح و در سال ۱۳۷۳ این بیمارستان تحت پوشش دانشگاه علوم پزشکی ایران قرارگرفت و مراقبت از مجروحین قطع نخاعی به بنیاد شهید منتقل شد.در سال های ۱۳۷۴ و ۱۳۷۵ بخش های مراقبت ویژه  سی سی یو و آی سی یو، درسال ۱۳۸۲ بخش همودیالیز، درسال ۱۳۸۶ بخش سوختگی، درسال ۱۳۸۸ بخش ایزوله تنفسی و در سال ۱۳۹۹ واحد سی تی اسکن بیمارستان راه اندازی شدند.